On the impact of hidden modeling assumptions on living systems- predictive dynamics

Abstract

ONTARE. REVISTA DE INVESTIGACIÓN DE LA FACULTAD DE INGENIERÍA This paper aims at showing the predictive modeling of living systems, particularly some commonly structured modeling assumptions which simplify the behavior of living systems. It also takes into account the stochastic modeling of basic gene expression mechanisms, such as transcription and translation, reaffirming the effect that simplifications have on the predictive behavior of living systems. These mechanisms rely on the basis of most gene expressions, signaling pathways and protein- protein interaction network models. This paper states that the usage of naïve modeling abstractions may result in predictive behaviors that are quite far from reality.

ONTARE. REVISTA DE INVESTIGACIÓN DE LA FACULTAD DE INGENIERÍA Este artículo, tiene como objetivo mostrar el modelado predictivo de los sistemas vivos, en particular algunos supuestos del modelo comúnmente estructurado, que simplifican el comportamiento de los sistemas vivos. También, tiene en cuenta el modelado estocástico de los mecanismos básicos de expresión génica, tales como la transcripción y la traducción, reafirmando el efecto que tienen las simplificaciones en el comportamiento predictivo de los sistemas vivos. Estos mecanismos, dependen de la mayoría de las expresiones de genes, las vías de señalización y los modelos de red de interacción proteína-proteína. Este artículo, se señala que el uso de abstracciones de modelados ingenuos, pueden dar lugar a comportamientos predictivos lejanos de la realidad.